Необходимость перехода на ручное управление возникла из-за технической неполадки: после отделения от третьей ступени ракеты-носителя «Союз» на корабле не раскрылась одна из антенн системы КУРС, отвечающей за автоматическое сближение и стыковку. В результате было принято решение использовать телеоператорный режим управления (ТОРУ).
На заключительном этапе операции управление кораблем взял на себя находящийся на борту станции космонавт Сергей Кудь-Сверчков. В ручном режиме он аккуратно подвел «Прогресс» к малому исследовательскому модулю «Поиск». Несмотря на внештатную ситуацию, стыковка прошла без осложнений — всего на пять минут позже запланированного срока — корабль успешно причалил к станции.
Грузовой корабль «Прогресс МС-33» успешно пристыковался российскому сегменту Международной космической станции. Однако, операция прошла не в штатном автоматическом режиме, а под ручным управлением.